История первого в России высшего образовательного учреждения по сельскохозяйственной гидротехнике (позднее за этой отраслью знаний закрепилось название «мелиорация») начинается с июня 1894г., когда в Московском сельскохозяйственном институте, ставшем правопреемником закрытой в 1893г. Петровской земледельческой и лесной академии, было открыто инженерное отделение для подготовки гидротехников, специалистов по орошению, осушению, сельскохозяйственному водоснабжению.
10 июня 1930г. на базе инженерно-мелиоративного факультета Московской сельскохозяйственной академии, лаборатории гидротехнических установок ВСНХ, гидротехнического отделения Московского высшего технического училища им. Н.Э. Баумана и мелиоративной лаборатории Института мелиорации НКЗ РСФСР был организован Московский инженерно-мелиоративный институт (МИМИ) – родоначальник МГУП.
Сегодня в МГУП функционируют восемь факультетов: экологомелиоративный, строительный, механический, экономический, многоуровневого образования, повышения квалификации, заочного обучения, довузовского образования, а также Институт выходного дня.
Слово «природообустройство» в названии университета отражает ориентацию вуза на подготовку специалистов нового типа, способных применять широкий спектр инженерных методов в сфере охраны природы и экологии.
Природообустройство должно предшествовать природопользованию, оно должно придать компонентам природы новые свойства, повышающие их практическую полезность, а также восстановить нарушенные компоненты природы и защитить их от неблагоприятных последствий антропогенной деятельности – природопользования.